Entendiendo la reclasificación de la cepa chilena AY7486TD de Tenacibaculum

El estudio publicado recientemente en la revista Genome Biology and Evolution, presenta una comparación genómica realizada con varias cepas de Tenacibaculum incluyendo aislados de campo en Chile y Noruega.

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En la investogación, los autores fueron capaces de definir los límites que clasifican las especies y también inferir las relaciones filogenéticas entre las cepas, lo que los llevó a descubrir que las cepas TdChD05 de Chile y TNO021 de Noruega, ambas previamente descritas como T. dicentrarchi, forman un grupo altamente cohesionado con T. dicentrarchi USC 3509^T (cepa tipo).

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Por el contrario, la cepa AY7486TD, también descrita originalmente como T. dicentrarchi, no cae dentro del grupo de T. dicentrarchi; en cambio, forma un clúster con las cepas TNO006, TNO010 y "T. finnmarkense"HFJT, lo que llevaría a una reclasificación de la cepa identificada en un principio.

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Desde el laboratorio ADL diagnostic Chile, describieron a Salmonexpert cómo se realiza el diagnóstico de esta bacteria, que se debe hacer al momento de caracterizar una especie y la relevancia de este nuevo patógeno.

¿Como laboratorio, están de acuerdo con la reclasificación planteada en esta publicación?

La taxonomía bacteriana es una disciplina que se ocupa de entregar un marco teórico-práctico de acuerdo a ciertos estándares para clasificar los microorganismos. Debido a los constantes avances que se han venido dando, sobre todo con los métodos de secuenciación actuales, el concepto de “especie” no tiene la rigidez de antaño.

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El que nosotros hayamos propuesto el genoma del aislado AY7482TD como T. dicentrarchi, respondió al estado de avance y a los registros de secuencia disponibles en GenBank en el momento de publicar y con los cuales se hizo el análisis filogenético. No nos corresponde pronunciarnos sobre la reclasificación ya que cae fuera del ámbito de acción nuestro. Este tipo de discusión se da en círculos académicos, entre científicos dedicados a la taxonomía que, por lo general, son miembros de comités que revisan periódicamente el estado del arte y las afiliaciones de microorganismos a los distintos géneros.

¿Cuál es el método de diagnóstico "Gold Standard" utilizado hoy en día para el diagnóstico de esta bacteria, cuál utilizan ustedes, y como cambia con esta nueva especie identificada en Chile?

Como ocurre con la mayoría de los métodos diagnósticos utilizados en salmonicultura, se utiliza la PCR. En literatura se describen una serie de partidores que permiten diferenciar las distintas especies de Tenacibaculum descritas a 2014 por medio de un esquema tipo “multilocus sequence analysis” o MLSA (Habib y col, 2014).

También se puede secuenciar el gen ribosomal 16S y comparar dicha secuencia utilizando los registros de GenBank. Un análisis más fino se logra mediante la secuenciación completa del genoma y su respectiva comparación con genomas relacionados. Nosotros utilizamos un método molecular desarrollado a partir de nuestras investigaciones. El reconocimiento de una nueva especie trae siempre consigo de la mano la revisión de protocolos diagnósticos.

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¿En cuanto a genética, patogenicidad y hospedadores, ¿qué relación existe entre T. dicentrarchi y T. finnmarkense?

A partir de los datos publicados por Bridel y col., junto con lo descrito por Småge y col (2016) cuando se describe por primera vez T. finnmarkense, podemos decir que ambas especies T. dicentrarchi y T. finnmarkense están estrechamente relacionadas, aunque con un grado tal de divergencia (ANI = 93-94%) que se puede sustentar la nueva especie (cut-off ANI < 95-96%). Fenotípicamente, si uno observa el resultado de pruebas bioquímicas entre las cepas tipo (type strain) de ambas especies, apreciamos que en la mayoría de ellas los resultados son idénticos.

En cuanto a la patogenicidad, ambas especies han sido aisladas desde peces afectados por cuadros ulcerativos, un rasgo característico de la Tenacibaculosis. Lo anterior concuerda con el análisis genómico comparativo que no indicó diferencias a nivel de genes de virulencia. Respecto del hospedero, si bien los aislados de T. dicentrarchi y T. finnmarkense derivan en su mayoría de salmón Atlántico, también se han reportado hallazgos de T. dicentrarchi en otras especies de peces. Por lo tanto, todavía es preliminar definir el rango de hospederos afectados por estos patógenos.

¿Cómo cambia la percepción en Chile de este patógeno, ahora que se sabe que una nueva especie causa brotes de enfermedad en centros de cultivo del país?

Desde una perspectiva productiva, la percepción de una enfermedad cambia cuando su incidencia se dispara o tiende a ser erradicada. El hecho de que la Tenacibaculosis es producida por diferentes especies confirma la diversidad genética de las cepas circulantes en Chile. Se necesita mayor información para precisar la importancia de este hallazgo y su impacto en la epidemiología de la enfermedad.