Publican nuevos datos y análisis para el control sostenible del Caligus
Chile: Una reciente publicación científica muestra datos obtenidos a partir del secuenciamiento, análisis y descripción del genoma del parásito, tales como ARN codificantes y no codificantes, lncRNA y microARN.
Luego de que en septiembre de 2019, junto con la finalización del Programa para la Gestión Sanitaria de la Acuicultura (PGSA), se cerrara la línea de investigación “CaligusLife” dirigida por el Dr. Cristian Gallardo y se diera a conocer la hazaña de haber logrado la secuenciación del genoma de Caligus rogercresseyi, hoy los datos comienzan a ver la luz.
“El parásito tiene 21 cromosomas con un tamañano genómico de 505 mil pb. El humano tiene 25.000 genes codificando proteínas y Caligus tiene la misma cantidad, sin embargo tiene mucha menos cantidad de ADN. Mucha de la información no codificante en el genoma del parásito, es importante por ejemplo para la resistencia farmacológica”, informaba el Dr. Gallardo en esa oportunidad.
Ahora, un nuevo estudio publicado en la revista Scientific data de Nature por científicos chilenos, entre los que se encuentran el equipo del Dr. Gallardo, y estadounidenses, muestra el trabajo realizado para el ensamblaje a escala cromosómica del genoma del parásito.
Los expertos trabajaron con el ADN genómico de 10 hembras adultas de C. rogercresseyi recolectadas desde salmón Atlántico mantenidos en el Laboratorio de Referencia de Caligus de la Universidad de Concepción.
Con las técnicas de secuenciación SMRT y ligadura de proximidad (Hi-C), los especialistas lograron identificar ARN codificantes y ARN no codificantes, y específicamente los ARN largos no codificantes (lncRNA) y los microARN (miARN), mediante la secuenciación del transcriptoma completo de diferentes estadios de Caligus.
“Se describieron un total de 23.686 genes que codifican proteínas y 12.558 ARN no codificantes. Además, se encontró que 6.308 lncRNA y 5.774 miRNA son transcripcionalmente activos desde las larvas hasta las etapas adultas”, expusieron los autores entre sus resultados.
“En conjunto, este recurso genómico de C. rogercresseyi representa una valiosa herramienta para desarrollar estrategias de control sostenible en la industria de la acuicultura del salmón”, concluyeron.
Revise el estudio completo titulado “Chromosome-scale genome assembly of the sea louse Caligus rogercresseyi by SMRT sequencing and Hi-C analysis”, aquí.
