Nuevo método molecular para detección de P. salmonis

La bacteria facultativa Gram negativa Piscirickettsia salmonis es el agente etiológico de la Septicemia rickettsial del salmón (SRS), una enfermedad grave que causa importantes pérdidas económicas en la industria salmonicultora. A pesar de los esfuerzos para controlar esta enfermedad, la alta frecuencia de nuevos eventos de epizootias indica que los tratamientos antibióticos y vacunas tienen una eficacia limitada, por lo tanto, los enfoques preventivos y de diagnóstico deben ser mejorados.

Según el artículo “Genomic-Based Restriction Enzyme Selection for Specific Detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP”, para diagnosticar SRS, se han desarrollado varios métodos, y si bien, éstos han demostrado ser metodologías competentes para detectar P. salmonis, ninguno de ellos puede garantizar la especificidad, ni demostrar la presencia exclusiva de la bacteria en muestras de tejidos y en medios de cultivo.

En este contexto, investigadores del Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica y del Laboratorio de Genómica Aplicada, del Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos (INTA), de la Universidad de Chile desarrollaron y validaron un ensayo de PCR RFLP que detecta P. salmonis, trayendo de vuelta las ventajas de los métodos tradicionales moleculares para detectar P. salmonis en tejidos de peces y medios de cultivo, tales como la sensibilidad, la velocidad, el costo y la especificidad.

“Uno de los principales problemas que observamos como parte de nuestra investigación es que las herramientas de diagnóstico de SRS, a través de la identificación de P. salmonis, son inespecíficas. Esto significa que la mayoría de ellas pueden identificar al patógeno pero, en mayor o menor grado, se confunden con otros organismos presentes en el ambiente (jaulas y/o laboratorios de investigación y/o diagnóstico)”, explicó el coautor del trabajo y académico del Laboratorio de Bioinformática y Expresión Genética del INTA, Rodrigo Pulgar.

Para resolver esto, en el estudio se presenta un sistema de identificación específico de P. salmonis basado en toda la información genómica conocida de la bacteria y el resto de las bacterias descritas. “Esto contribuye a resolver la incertidumbre de que un resultado considerado positivo para P. salmonis, en realidad no lo sea (falso positivo)”, detalló Pulgar.

Añadió que, además de saber si P. salmonis se encuentra presente en una muestra (medio de cultivo, muestra ambiental o tejidos de un pez, esta herramienta puede indicar en el mismo ensayo si encuentra pura o no, lo que, a juicio del investigador, tiene un gran impacto en el diagnóstico de SRS, así como también en áreas de I+D vinculadas a la producción de vacunas y fármacos contra la bacteria.

En cuanto a la transferencia de los resultados de esta investigación, Pulgar afirmó que una de las virtudes de esta estrategia, es que los análisis bioinformáticos y las validaciones se convirtieron en una herramienta (PCR-RFLP) de identificación específica, sensible, rápida, simple y de bajo costo, por lo que su transferencia no depende de aspectos técnicos, puesto que cualquier laboratorio podría implementarla de manera rutinaria. “La transferencia a la industria se realizará a través de la implementación del método en los laboratorios de investigación y/o diagnóstico certificados por el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura (Sernapesca) y que están asociados con la industria” reveló el especialista.

En tanto, entre las múltiples ventajas de esta nueva estrategia, el investigador del INTA resaltó la especificidad de la detección de P. salmonis y su capacidad de determinar en un único ensayo la presencia de P. salmonis, así como la de otras bacterias cohabitantes con ella en los medios de cultivo (pureza) o en diferentes tejidos de peces (co-infección).

“Además, por ser este un método sensible (basado en amplificación por PCR) tiene la ventaja que puede determinar pequeñas cargas bacterianas (en medios de cultivo o tejidos de peces), incluso antes de que se observe signología en peces infectados”, agregó Pulgar.

“Por ser simple, rápido y reproducible, este método puede ser establecido en laboratorios a lo largo del mundo como una tecnología estándar para monitorear cultivos bacterianos de P. salmonis y para tecnologías de control epidemiológico de la SRS”, reveló el investigador.

Finalmente, el especialista en bioinformática y expresión genética dijo que para mejorar las técnicas de detección y diagnóstico de P. salmonis es un aspecto esencial para combatir la SRS. “Como para cualquier patógeno, su identificación y determinación adecuada de su pureza es uno de los primeros pasos para comprender el proceso de patogénesis y generar herramientas para su control”, puntualizó.

“Esta investigación plantea también la necesidad de recurrir a herramientas y estrategias bioinformáticas y genómicas que permita utilizar la mayor cantidad de información posible, como también la disponibilidad de ceparios públicos de este patógeno, de manera de que varios grupos que realizan investigación asociada a SRS puedan acceder a ella, mejorando así la posibilidad de crear soluciones reales a esta enfermedad”, finalizó Pulgar.

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