Crean nuevo PCR multiplex para diferenciación de genogrupos de Piscirickettsia
Chile: Científicos chilenos desarrollaron una nueva herramienta diagnóstica que además hace posible la genotipificación de los genogrupos LF-89 y EM-90 de la bacteria.
Los análisis genómicos del patógeno bacteriano Piscirickettsia salmonis han descrito dos genogrupos presentes en Chile: LF-89 y EM-90.
Ambos grupos poseen diferencias genómicas y fenotípicas, por ejemplo, en diversos genes que codifican funciones moleculares relacionadas con la actividad antioxidante, factores de transcripción, regulación de la traducción y factores de virulencia.
También se ha descrito el genogrupo EM-90 causaría mayores mortalidades acumuladas en un periodo de tiempo más corto que las infecciones por LF-89.
Por lo tanto, el desarrollo de métodos para la diferenciación rápida de ambos grupos es de vital importancia tanto para el diagnóstico como para el estudio de la bacteria.
Bajo esta premisa, ocho investigadores chilenos de diversas instituciones desarrollaron un PCR multiplex para genotipar de manera rápida ambos genogrupos.
Basados análisis de 73 genomas de P. salmonis completamente secuenciados, los expertos identificaron ambos genogrupos con 2.322 y 2.280 secuencias compartidas y 253 y 291 secuencias únicas para LF-89 y EM-90, respectivamente.
“Rápido y confiable”
Con estos datos y luego de probar tres PCR multiplex, definieron al “multiplex-1” como el más confiable para un genotipado, debido a las diferencias en las temperaturas de alineamiento y las respectivas eficiencias de reacción.
“El prototipo multiplex-1 es rápido, preciso, confiable y reducirá los tiempos y costos de diagnóstico. Será útil en los diagnósticos veterinarios de rutina cuando se utilicen muestras de peces directamente o cultivos bacterianos puros y mixtos”, establecieron los investigadores frente a los resultados de su nuevo desarrollo.
Lea el estudio completo del desarrollo de esta herramienta, “Development of a Multiplex PCR Assay for Genotyping the Fish Pathogen Piscirickettsia salmonis Through Comparative Genomics”, aquí.
