Nuevo método diagnóstico precoz para detectar genogrupo de IPNV

En un reciente estudio publicado por investigadores del Laboratorio de Patología de Organismos Acuáticos y Biotecnología Acuícola de la Universidad Andrés Bello (UNAB) y Centro Interdisciplinario para la investigación en Acuicultura (Incar), en conjunto con el Laboratorio Centrovet, evaluaron la especificidad y sensibilidad de una RT-PCR en tiempo real combinada con sondas Universal Probe Library (UPL) comercializadas por la empresa Roche utilizando como muestras de diagnóstico el riñón de ejemplares de salmón Atlántico (Salmo salar) y trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) infectados con el virus de la Necrosis Pancreática Infecciosa (IPNV).

Según comentó el director del Laboratorio de Patología de Organismos Acuáticos y Biotecnología Acuícola de la UNAB e investigador principal del Centro Incar, Dr. Ruben Avendaño-Herrera, la especificidad de este protocolo, en condiciones de laboratorio usando cultivos celulares, fue validado previamente en otra investigación de su grupo y publicada como “Use of reverse transcription-real time polymerase chain reaction (real time RT-PCR) assays with Universal Probe Library (UPL) probes for the detection and genotyping of infectious pancreatic necrosis virus strains isolated in Chile” en J Virol Methods 147:226-234.

“Con este estudio demostramos la capacidad de esta técnica diagnóstica de discriminar entre dos genogrupos de IPNV (West Buxton o Spajarup) que están presente en Chile y cuya importancia es que, precisamente, la patogenicidad depende de esta propiedad. Así, el tipo Spajarup o Sp se considera muy patogénico y se asocia a mayores mortalidades, mientras que West Buxton o WB es un virus menos patogénico”, reveló Avendaño-Herrera.

“Es importante señalar que este método permite el diagnóstico no sólo de la presencia o ausencia de IPNV, sino que también conocer el genogrupo al cual pertenece el virus que está provocando las mortalidades en los centros de cultivos. Por lo tanto, reduce el diagnóstico a horas de trabajo y facilita la toma de decisión por parte del interesado, ya que los métodos alternativos son mas demorosos, incluso, en algunos casos, considera la secuenciación de una parte del genoma del virus”, detalló el investigador.

“Sin embargo, hasta esta nueva investigación el procedimiento aún no había sido validado utilizando peces infectados ni utilizando muestras de tejido de peces infectados en condiciones de campo. Por lo que un esfuerzo en conjunto con el equipo del Laboratorio de Investigación de Centrovet, desarrollamos la investigación y también quisimos ampliar el estudio para conocer la sensibilidad del método”, añadió.

Resultados

En cuanto a los resultados del estudio, el Dr. Avendaño-Herrera explicó que, inicialmente, la aplicación de este protocolo dio la amplificación positiva de IPNV para 21 de 26 muestras, independientemente de los peces muestreados, mientras que ambas sondas (West Buxton o Spajarup) no pudieron detectar partículas del virus en sólo cinco muestras.

“De 21 muestras, siete dieron una detección positiva con la sonda UPL # 8 (tipo Spajarup), mientras que 14 muestras dieron positivo con la sonda # 117 (tipo West Buxton). La fiabilidad y robustez del ensayo UPL RT-PCR se confirmaron utilizando como control el aislamiento del IPNV, mediante la inoculación de muestras de riñón de los mismos peces en cultivos de células CHSE-214 según lo recomendado por la OIE. En tanto, el análisis de secuencia completa de la región VP2 de todos los aislamientos están de acuerdo con nuestros hallazgos de genotipado utilizando el enfoque UPL RT-PCR. Esto quiere decir que hubo concordancia entre el genogrupo de los aislados de IPNV (aislamiento y secuenciación) y el diagnosticado realizado por nuestro protocolo UPL RT-PCR”, reveló el investigador de la UNAB.

Por otro lado, Avendaño-Herrera comentó que los niveles de detección de la sonda UPL # 8 oscilaron entre 16 y 40.710 partículas virales y 384 a 37.929 para la sonda UPL # 117. “Repetimos el análisis UPL con las 120 muestras de riñón de salmón Atlántico y la detección y tipificación con las mismas sondas mostraron resultados consistentes con este diagnóstico discriminando en uno de los genogrupos”, dijo.

“En resumen, hemos demostrado que el UPL RT-PCR es muy útil para el propósito de detección en peces y, por lo tanto, una de las herramientas más fuertes para el diagnóstico precoz de IPNV con un impacto económico positivo en el cultivo de peces”, añadió el especialista.

Finalmente, Avendaño-Herrera destacó que este protocolo se encuentra disponible desde finales del año 2015 de manera online, ya que se consideró un aporte muy importante para el diagnóstico de este patógeno viral que causa problemas durante la etapa de agua dulce y marina.

“Estamos muy contento de poder haber realizado una investigación aplicada de la mano con empresas de la industria salmonicultora del país y que ha tenido un impacto a nivel mundial, ya que el patógeno es de amplia distribución”, aseveró el Dr. Ruben Avendaño-Herrera.

“De hecho, no es la primera vez que colaboramos con la industria y durante los últimos años hemos realizado trabajos colaborativos con otras empresas de cultivos, laboratorios e instituciones públicas sin -en la mayoría de los casos- tener financiamiento específicos de las empresas, sino con recursos propios que están dirigidos a dar soluciones reales a la industria y la generación de conocimiento”, finalizó.