Secuenciación del genoma: el punto de partida para superar desafíos

Entre el 24 y 27 de abril, el hotel Cumbres de Puerto Varas, recibe a los más destacados investigadores y académicos del mundo de la salmonicultura. En esta ocasión, la reunión se genera en torno a la iniciativa de Cooperación Internacional para Secuenciar el Genoma del Salmón Atlántico (Icsasg, por sus siglas en inglés), un proyecto que desde el año 2009 reúne los esfuerzos, recursos y conocimientos de tres países a través de tres entidades: la Corporación de Fomento de la Producción en Chile (Corfo); Genome British Columba de Canadá (RCN); y el Fondo de Producción de la Industria de Pesca y Acuicultura de Noruega (FHF).

La secuenciación del genoma del salmón Atlántico tiene un costo de US$ 10 millones. De este monto, Corfo aportó cerca de US$ 4 millones, mientras que los otros dos países involucrados aportaron un valor equivalente.

El director de Corfo Los Lagos, Adolfo Alvial, se refirió a la importancia nacional y regional del proyecto, especialmente por el hecho de “estar participando en un esfuerzo de países que han unificado capacidades y recursos para llevar a cabo un programa que ha rendido sus frutos”.

Alvial, agregó que “a partir de este conocimiento, se pueden desprender otros, que aplicados a la tecnología de cultivo, nos pueden permitir superar muchas de las enfermedades que afectan a los salmónidos. Además, esto permite afinar la selección de los peces con mejor adaptación en determinadas condiciones ambientales, con la mejor resistencia a los desafíos de patógenos”.

Productos y procesos asociados

Catalina López Correa, delegada de RCN, explicó que el mayor valor de este proyecto radica en la generación de información. “Son datos y es una herramienta de libre acceso que se puede utilizar para cualquier tipo de análisis de control de enfermedades”.

Mientras que Steinar Bergseth, representante del Consejo de Investigación de Noruega, expresó que “hasta ahora, el producto más concreto generado a partir de este proyecto, es el tratamiento y prevención de enfermedades. La compañía noruega Aquagen, ya tiene en el mercado salmones resistentes al IPN”.

Asimismo, Marcela Angulo, gerente de Desarrollo y Capacidades Tecnológicas de Corfo, afirmó que los primeros productos concretos que surgen de esta iniciativa, están relacionados con la generación de herramientas para breeding y selección genómica. “Desde Corfo, por ejemplo, apoyamos a tres consorcios de investigación: Aquainnovo, Blue Genomics e Ictio Biotechnologies”.

A su vez, Alfredo Tello, gerente general del Instituto Tecnológico del Salmón (Intesal), afirmó que la secuenciación del genoma del salmón Atlántico gatilla un proceso de generación de nuevos conocimientos y productos, aunque no en tiempos inmediatos. “Es gradual, y es lo que ha pasado con el genoma humano, no ha resuelto de inmediato todos los problemas pero ha permitido avanzar con más información y conocimientos para resolver problemas en torno a la biología de una especie”.

Disminución de costos

En cuanto al impacto económico que tendría esta investigación sobre la industria, aún no hay cifras claras. Tello, aseveró que “que el Caligus y SRS tienen un impacto anual estimado de US$ 1.000 millones en la industria. Si se puede disminuir la prevalencia de esas enfermedades tendrá un impacto concreto sobre los costos de producción”.

Mientras que López-Correa añadió que, “si hacemos la misma analogía con el genoma humano, éste costó US$ 3 millones y se demoró 10 años, hoy, con la tecnología actual, podemos secuenciar un genoma humano completo por alrededor de US$ 3.000  en una semana. Esa misma disminución dramática de costos en la tecnología de secuenciación se percibe en otras especies, como el salmón”.

Los elevados costos que implican estos estudios han sido un impedimento para muchos investigadores. Para la representante de Corfo, lo importante es que “exista una masa critica de  empresas que puedan otorgar servicios, como también universidades que puedan trabajar en esto. Los costos disminuyen en la medida que esto se transforma en tecnología disponible para todos”.

Secuenciación del salmón Coho

De manera paralela, se está desarrollando un proyecto de secuenciación para el salmón Coho, desarrollado por investigadores chilenos y canadienses. La iniciativa tiene una duración de cuatro años y desde ahí, “se espera que se pueda recuperar la secuencia del salmón Coho, como también una serie de marcadores, tal como se hizo con el salmón Atlántico. También deberíamos generar SNP Chips, que son herramientas y productos que luego se pueden utilizar para ser genotipados en asociación con enfermedades y productividad”, detalló la representante de RCN.

Además, Catalina López Correa reveló que en Canadá están trabajando en un proyecto de secuenciación del genoma de la trucha arcoíris, “que tiene el objetivo de producir nuevos marcadores”.

Finalmente, Marcela Angulo, enfatizó en que la secuenciación del genoma de salmón Atlántico, es un resultado de alta calidad, que puede ser usado como un genoma de referencia para otras especies de salmónidos.