Desarrollan método para secuenciación del genoma completo de ISAV
Noruega: Un equipo de científicos ha creado protocolo de secuenciación basado en amplicones para la secuenciación del genoma completo del ISAV, permitiendo un estudio rápido en casos de brotes.
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En un nuevo estudio publicado, investigadores del Instituto Veterinario Noruego y de la Autoridad Alimentaria y Veterinaria de Islas Feroe desarrollaron un protocolo de secuenciación basado en amplicones que la secuenciación completa del genoma del virus ISA.
Esta nueva metodología permite una secuenciación más precisa y detallada del genoma del virus, lo que facilita la identificación de variantes específicas y la monitorización de la evolución del patógeno en las poblaciones de salmón.
El método consta de 80 partidores específicos de ISAV que cubren el 92 % del genoma del virus y fue diseñado para usarse en una plataforma Illumina MiSeq. La precisión de la secuenciación se analizó comparando este método con secuencias Sanger publicadas anteriormente.
“Las secuencias obtenidas fueron casi idénticas a las obtenidas mediante la secuenciación de Sanger, lo que demuestra que las secuencias producidas mediante este protocolo de secuenciación de amplicones tenían una precisión aceptable”, detallaron los expertos.
Además de ofrecer una mayor resolución en comparación con las técnicas tradicionales, según los autores este nuevo enfoque no solo permitiría una mejor comprensión de la estructura genética del ISAV, sino que también ayuda a los científicos a identificar mutaciones que podrían afectar la virulencia del virus y la eficacia de las vacunas.
La técnica fue probada para el secuenciamiento del genoma de 12 aislados diferentes del virus obtenidos de un brote en norte de Noruega, encontrando que durante el brote se produjo un reordenamiento de segmentos entre algunos de los aislados.
De acuerdo con lo expuesto por los científicos, la secuenciación del genoma completo permite analizar todos los segmentos del ISAV, haciendo el rastreo del virus más robusto ante reordenamientos de un solo segmento y ofrece la posibilidad de evaluar la concordancia de la información obtenida para cada segmento individualmente.
“Las comparaciones en este estudio demuestran que el método de secuenciación del genoma completo del ISAV puede ser una contribución importante a la caracterización del brote y la dinámica epidemiológica de este virus”, concluyeron los expertos.
Lea el estudio completo titulado “Development and application of a whole genome amplicon sequencing method for infectious salmon anemia virus (ISAV)”, aquí.
